Recruté pour trois millions d'euros par Alain Perrin, Stephan Vashousek débarque à l'OM pour devenir une nouvelle référence dans le couloir gauche. Sur le coup, les dirigeants marseillais se félicitent d'avoir trouvé une solution pour moitié moins cher de ce qui leur était proposé jusque là avec le partenaire de Didier Drogba à Guingamp, un certain Florent Malouda.
Mais si le Tchèque réussit ses débuts au Vélodrome contre Auxerre (1-0), il sombre vite, coupable de ne pas être assez rapide dans son couloir alors qu'il commence à gamberger de ne toujours pas inscrire son premier but avec le maillot blanc. Au mois de janvier, José Anigo, suite à de nombreux forfaits, tente de le relancer en pointe pour son premier match contre Lens (3-2). Mais l'ancien joueur du Slavia Prague n'y arrive toujours pas et il sera tenu à l'écart du groupe pour la fin de la saison. "A l’issue de la saison, José Anigo m’a fait comprendre que je devais accepter d’être prêté à l’Austria Vienne. J’ai pensé qu’il valait mieux pour moi saisir cette opportunité. J’aurais peut être dû m’accrocher. Mais j’étais trop jeune et je n’ai pas saisi que je laissais filer une occasion de vivre une autre carrière".
Après quatre saisons en Autriche, Vachousek regagnera Teplice, le club de ses débuts. Mais il garde un bon souvenir de son passage à l'OM, confiant "rêver encore des moments qu'il a passé sur un terrain avec Didier Drogba".