Lancé dans le grand bain pour l'ouverture de la saison 2014-2015 à Bastia par Marcelo Bielsa, Stéphane Sparagna a dans la foulée disputé deux saisons avec l'OM (pour 18 apparitions), avant d'être prêté à Auxerre lors de l'été 2016.
En Ligue 2, il effectue une saison pleine (33 matchs) et rejoint le championnat portugais et Boavista la saison suivante. Depuis, celui qui a été formé à l'OM a une bonne première saison au Portugal (22 matchs dont 20 en tant que titulaire), avant d'être arrêté par une blessure importante au ménisque cette saison qui lui a fait rater la plupart des rencontres.
Dans une interview au site festival-foot-espoirs.com, le défenseur central a accepté de revenir sur son parcours sous le maillot blanc, sans nourrir de réels regrets : "On peut toujours se dire que je suis parti avant que Rudi Garcia n’arrive, donc peut-être que j’aurais dû attendre. Mais ce sont des questions que je ne me pose pas (...). Le football est fait de choix, et si on commence à les regretter, on ne s’en sort plus."
À son arrivée au Portugal, Sparagna expliquait ne pas avoir été réellement mis en confiance en France, d'où son départ : "Je n'ai jamais eu personne qui croyait vraiment en moi, sauf Marcelo Bielsa, la première saison à l'OM." Il faut dire qu'après son premier exercice sous les ordres Bielsa, Sparagna a vu se succéder Franck Passi puis Michel à la tête de l'équipe première. Une période assez floue qui ne lui a pas permis de percer, alors qu'il était baladé entre le poste de milieu défensif et celui de défenseur central.
Dommage, lorsqu'on sait que ses coéquipiers chez les U20 tricolores Thomas Lemar et Presnel Kimpembe sont devenus champions du Monde l'été dernier.